« Tracing » des tests Covid-19, le rôle clef des laboratoires

Informatique

Éric Lainé, président de la Société française d’informatique de laboratoire (SFIL). Crédit photo : DR

La plateforme sécurisée SIDep (Système d’informations de dépistage), où sont enregistrés les résultats des laboratoires et les données collectées afin de réaliser un « tracing » des tests Covid-19, a été déployée en quelques semaines. Éric Lainé, président de la Société française d’informatique de laboratoire (SFIL), revient sur ce développement express.

Les laboratoires de biologie médicale (LBM) ont eu un rôle actif dans la mise en place du SI-Dep. Comment a-t-il été mis en place ?

Le SI-Dep est un outil de remontée d’informations, à savoir des résultats et des données personnelles collectées. Sa finalité est de repérer les éventuels clusters et les cas contacts au fur et à mesure de leur apparition au cours du déconfinement, et d’évaluer la prévalence du virus dans la population. Les laboratoires, publics et privés, ont fait un gros travail pour collecter et produire ces résultats.
L’efficacité du dispositif repose sur un cahier des charges exigeant, impliquant en particulier que les laboratoires transmettent ces informations à la plateforme SI-Dep dans un délai très court (moins de 24 heures). Le groupe de travail chargé de concevoir le dispositif SI-Dep a été piloté par le ministère de la Solidarité et de la Santé, avec l’AP-HP comme maître d’œuvre, et a rassemblé l’Agence du numérique en santé (ex-Asip Santé), la société Capgemini Invent, ainsi que deux associations œuvrant dans le domaine de l’interopérabilité des systèmes d’information : Interop’santé et la SFIL. Des industriels éditeurs de logiciel ont aussi été impliqués, en particulier MIPS (Clinisys) pour la solution de traitement et de concentration des résultats, le groupe Dedalus pour la collecte des données depuis les SIL des LBM privés via le « Bioserveur Agfa », Enovacom pour l’interopérabilité et la sécurité des données, et SIL-Lab Experts pour la collecte des données pré-analytiques. Le SI-Dep est actuellement un instrument de santé publique vers lequel les LBM font remonter les résultats de tests virologiques RT-PCR, mais il est prévu que dans un second temps, à partir du 21 juin, les résultats des tests sérologiques puissent aussi être collectés.
Un travail important de sélection a été réalisé de façon à identifier les données strictement nécessaires pour le suivi de l’épidémie, en vertu du principe de minimisation inhérent au RGPD (Règlement général sur la protection des données personnelles) et aussipour faciliter le déploiement du dispositif en l’alourdissant aussi peu que nécessaire.

Les projets d’informatique en santé mettent souvent des années à aboutir. Cette fois, SI-Dep a été défini fin avril et activé le 13 mai. Cela aurait-il été possible sans l’expérience acquise par les laboratoires, notamment sur la dématérialisation ?

Non. Cela aurait été beaucoup plus difficile. Il faut d’abord souligner que les laboratoires ont l’habitude de dématérialiser. Nous avons aujourd’hui des utilisateurs biologistes qui sont nettement plus sensibilisés à ces sujets qu’en 2016, quand le décret 2016-46, instituant la dématérialisation des comptes rendus de biologie, a été publié. En outre, les éditeurs ont, depuis, développé des solutions et ont acquis un savoir-faire qui leur a permis de réagir très vite. La démarche du groupe de travail, contingentée dans le temps, a été pragmatique. Elle a consisté à mettre en place une organisation s’appuyant sur les standards existants et largement déployés sur le terrain : Hprim médecin 3.0 et Hprim santé 2.4 pour la médecine de ville et les normes LTW (HL7 v2.5) pour les sites publics. Il convient de rendre hommage aux éditeurs, qui ont mis énormément de moyens et d’énergie pour développer cette solution, sans oublier également les biologistes médicaux sur le terrain, qui ont totalement joué le jeu.

Des investissements ont-ils été nécessaires ?

La plateforme SI-Dep a été pensée pour utiliser les outils existants. Il n’y a donc pas eu d’investissements au niveau informatique de la part des laboratoires. Les outils ont été préparés, modifiés, mis à jour par les éditeurs. De leur côté, les LBM ont dû intégrer les nouvelles versions de la nomenclature des actes (NABM).
La mise en place de la plateforme SI-Dep a-t-elle été simplement un « prolongement » des travauxmenés depuis l’année 2016 ou peut-on dire que de nouveaux défis sont apparus depuis ?
Nous avons effectivement été confrontés à de nouveaux défis, principalement organisationnels. Notamment, pour les laboratoires, l’obligation de collecter des données nouvelles, dans des conditions non habituelles, avec des délais de réalisation très contraints. Par exemple, le prélèvement en mode « drive », qui évite l’accueil du patient à l’intérieur du laboratoire tout en exigeant un scellement de l’échantillon dans son emballage au moment du prélèvement, a nécessité de penser des outils et mettre en œuvre des procédures pour collecter à distance et en amont du prélèvement les données nécessaires à l’alimentation de SI-Dep. À titre d’exemple, l’éditeur SIL-LAB Experts a adapté à cette nouvelle situation son système de collecte développé au départ pour recueillir des renseignements pré-analytiques au moment du prélèvement à domicile (PAD).

Ce travail mené autour de SI-Dep continuera-t-il à être utilisé, sous une forme ou une autre, après l’épidémie ?

Les fichiers constitués devront être détruits à la fin de la période de crise. SI-Dep n’est destiné à exister que pendant l’épidémie et le déconfinement, puis la plateforme disparaîtra. En revanche, toute la méthodologie employée pour répondre à cette crise restera acquise.
Cette expérience va nous amener à repenser les modalités d’alimentation de Santé publique France. Les laboratoires ont su montrer qu’ils étaient capables de remonter des informations structurées, utilisables pour des dépistages de masse. On va devoir repenser notre stratégie concernant les autres dépistages, par exemple en cancérologie.Ce qui a été pensé et mis en évidence à l’occasion de la mise en place de SI-Dep sera probablement incrémenté, par la suite, dans les nouvelles versions des protocoles de transmission de données.

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Morgan Bourven