Émergents urinaires : présents au-delà des infections basses

Cas clinique

Getty Images/iStockphoto - jarun011

Lors de l'urétérostomie d'un homme de 74 ans, le chirurgien suspecte une infection fongique devant la présence de filaments blanchâtres. L'analyse bactériologique révèle l'existence  de deux germes urinaires émergents.

Un homme de 74 ans est hospitalisé pour urétérostomie. Dans les antécédents du patient, il est rapporté des coliques néphrétiques, une insuffisance rénale chronique, une gammapathie monoclonale à IgG lambda et une résection transurétérale de prostate. Lors de l'extraction du calcul rénal, le chirurgien signale la présence de dépôts blanchâtres sur la sonde et le calcul et suspecte une infection fongique. Il initie alors un traitement par antifongique. Les calculs extraits sont transmis au laboratoire de microbiologie. La prescription précise : « présence de filaments blanchâtres : Candidose ? ». Le laboratoire réalise un examen direct ne mettant pas en évidence de leucocytes. La coloration de Gram révèle une flore polybactérienne comportant de nombreux germes à Gram positif (diplocoques et bacilles) ainsi que de rares bacilles Gram négatif. Aucune levure n'est observée. La mise en culture est réalisée sur une gélose chocolat et une gélose chromogène incubées sous atmosphère enrichie en CO2, et sur une gélose au sang incubée en anaérobiose. Après 48 heures d'incubation, une fine culture est observée sur les géloses incubées sous atmosphère enrichie en CO2 : deux morphotypes de colonies alpha-hémolytiques prédominent. La culture sur gélose au sang en anaérobiose met en évidence une culture polybactérienne. Une identification par spectrométrie de masse (MaldiTOF, Brucker) est réalisée sur les deux morphotypes prédominants : Aerococcus urinae et Trueperella bernardiae sont identifiés avec des scores très satisfaisants. Ces deux bactéries sont repiquées sur une gélose au sang en prévision de la réalisation des antibiogrammes. Ce sont des pathogènes émergents au même titre que Actinotignum, Alloscardovia, Lactobacillus delbrueckii…, qui font l'objet de nombreuses publications depuis 20101-5. Difficiles à cultiver, ils sont sortis de l'ombre grâce à la biologie moléculaire. La spectrométrie de masse a rendu accessible leur identification au laboratoire de bactériologie de routine.

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Dr Anne Holstein, Dr Mélanie Jimenez-Pocquet, LABORIZON CENTRE - BIOGROUP