Accélérer le séquençage du Sars-CoV-2

« L’objectif de cette surveillance est de détecter l’émergence et de suivre la distribution spatio-temporelle de virus présentant des mutations susceptibles d’avoir des conséquences fonctionnelles, comme par exemple l’infectiosité, la contagiosité, la virulence ou l’échappement immunitaire » présente Santé Publique France. Si en France, cette surveillance relève des missions du Centre national de référence (CNR) Virus des infections respiratoires (Institut Pasteur) et de ses laboratoires associés (Hospices civils de Lyon et Institut Pasteur de la Guyane), l’émergence de nouveaux variants a rendu nécessaire l’ajout d’autres capacités de séquençage. Pour cela, a été lancé en janvier 2021, le projet EMERGEN (Consortium pour la surveillance et la recherche sur les infections à pathogènes émergents via la Génomique microbienne), coordonné par Santé publique France et l’ANRS|Maladies infectieuses émergentes. Les trois missions principales de ce consortium pluridisciplinaire sont : d’identifier la part des différents variants circulants sur le territoire (enquêtes flash), d’identifier de nouveaux variants, et d’alimenter des projets de recherche avec ces données. « Le séquençage (NGS) du génome complet du virus reste la seule technique qui permet de les confirmer, de détecter de nouveaux variants émergents, et d’en préciser les mutations qui les caractérisent » précise Santé Publique France. L’appel à manifestation d’intérêt lancé en mai dernier avait pour objectif de compléter les capacités de séquençage génomique du SARS-CoV-2 à des fins de surveillance « par un volume complémentaire cumulé pouvant atteindre, en fonction du niveau de l’épidémie, jusqu’à 5 000 séquences hebdomadaires » détaille cet appel. Les LBM candidats devaient répondre à un cahier des charges précis et disposer « pour un plateau technique donné, des moyens humains et matériels permettant à minima la réalisation hebdomadaire de 1 000 séquences à partir de prélèvements RT-PCR positifs pour le SARS-CoV-2 ». Les résultats ont été publiés dans un arrêté publié au JO le 5 octobre dernier, désignant les laboratoires Synlab Alpigène, Cerba, Gen-bio et Laborizon.