Moins d’une demi-heure pour détecter une infection à Chlamydia trachomatis

Chlamydia trachomatis est l’agent pathogène humain sexuellement transmissible le plus fréquent. L’infection, qui ne provoque peu ou pas de symptômes chez deux tiers des femmes environ, est souvent non diagnostiquée. Les infections à C. trachomatis sont un problème majeur de santé publique en raison des conséquences graves potentielles sur le long terme, comme un risque accru de grossesse extra-utérine, des douleurs pelviennes chroniques et l’infertilité.

À ce jour, plusieurs tests diagnostiques de biologie délocalisée ont été élaborés pour C. trachomatis. Bien que nombre d’entre eux soient rapides et précis, ils n’ont pas la sensibilité requise pour l’application à grande échelle.

Krõlov. K et ses collaborateurs ont décrit une forme rapide et sensible de détection directement à partir d’échantillons d’urine. Le dosage utilise une amplification par recombinase polymérase et possède un seuil de détection minimum de 5 à 12 pathogènes par test.

La technique en détails

L’amplification par recombinase polymérase (RPA) nécessite cinq éléments majeurs : de l’ADN à amplifier, un complexe amorce-recombinase pour déclencher le processus de copie ; des nucléotides à partir desquels se forment les nouveaux brins ; une polymérase pour les assembler, et des protéines de liaison à l’ADN simple brin, qui contribuent à maintenir l’ADN d’origine tandis que le nouvel ADN est en cours. Le complexe amorce-recombinase est en mesure de se fixer à l’ADN double brin, ce qui élimine la nécessité du chauffage. Une fois le complexe en place, il se désassemble, permettant à l’ADN polymérase de commencer la synthèse d’un nouveau brin d’ADN complémentaire, tandis que les protéines de liaison attachent et stabilisent le brin déplacé. Dans des conditions précises, le processus se répète automatiquement, entraînant une augmentation exponentielle de l’ADN.

70 patients testés

Les chercheurs ont sélectionné un fragment du gène CDS2 conservé dans les souches de C. trachomatis sexuellement transmissibles qu’ils ont soumis à cette méthode de RPA.

51 femmes et 19 hommes de 18 à 25 ans issus d’une clinique estonienne, adressés par leur médecin pour des tests de dépistage d’IST, ont fourni un échantillon d’urines (premier jet). Des lysats ont ensuite été préparés par chauffage de l’échantillon pendant cinq minutes à 90°C. Pour comparaison, les échantillons ont aussi été testés par une méthode usuelle validée sur automate.

Dans la RPA, jusqu’à 5 µL d’urine peuvent être utilisés sans inhibition de la réaction d’amplification. La détection nécessite au minimum 0,05 µL d’urine traitée par la chaleur. La RPA permet la détection en 20 minutes directement à partir des échantillons d’urine, sans purification de l’ADN avant la réaction d’amplification : les 5 minutes d’incubation à 90°C sont suffisantes pour relarguer tout l’ADN des cellules, et l’amplification nécessite 10 minutes à 38°C. L’analyse sur ces 70 échantillons cliniques de patients a donné une spécificité de 100 % et une sensibilité de 83 %. La procédure, assez simple, ne nécessite pas d’automate spécifique, ce qui en fait un test potentiellement applicable en biologie délocalisée.

D’après Krõlov K et coll. Sensitive and Rapid Detection of Chlamydia trachomatis by Recombinase Polymerase Amplification Directly from Urine Samples. J Mol Diagn., 2014; 16: 127-35 et le JDM