Expérimentation d’un transfert automatisé de données microbiologiques de LBM de ville

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Les LBM sont une source de données pertinente pour surveiller la résistance aux antibiotiques en ville, mais aucune solution technique pérenne n’a pu être validée pour l’exploitation en routine de leurs données, selon un rapport paru en juillet dans le bulletin électronique de l’Institut de veille sanitaire (InVS).

Par Steven DIAI, publié le 23 août 2013

Expérimentation d’un transfert automatisé de données microbiologiques de LBM de ville

La consommation des antibiotiques créé une pression de sélection favorisant l’apparition et la dissémination de bactéries résistantes aux antibiotiques. La surveillance de ces résistances est principalement basée sur des laboratoires d’établissements de santé publics ou privés et reste à renforcer en ville. L’InVS a donc choisi en 2000 de créer un réseau de LBM, sélectionnés aléatoirement pour représenter 5 % des examens cytobactériologiques des urines réalisés en France métropolitaine, afin de surveiller ces résistances en continu, sans restriction à des couples bactéries-antibiotiques cibles. L’objectif était d’automatiser la transmission des données de bactériologie des LBM vers l’InVS.

L’expérimentation Labville, visant à surveiller la résistance aux antibiotiques en ville, s’est déroulée de 2005 à 2009 sur 69 laboratoires de ville. Les LBM ont été équipés d’un boitier informatique permettant un transfert automatisé, quotidien et sécurisé des données de bactériologie. Les données ont été capturées par reconnaissance des flux d’impression des comptes-rendus d’analyses.

La performance du système Labville a été évaluée sur 44 des 69 LBM du réseau, certains laboratoires ayant eu des difficultés techniques insurmontables pour transférer leurs données. Ces 44 LBM couvraient 3,4 % de l’activité nationale de bactériologie de ville (mesurée en nombre d’ECBU réalisés). Ils ont transmis leurs données sur des durées variables, de sept mois à deux ans, selon les LBM et pour cinq espèces bactériennes : Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Campylobacter, Salmonella et Staphylococcus pneumoniae.

Les proportions de résistance trouvées pour chaque espèce bactérienne étaient cohérentes avec la littérature : 20,9 % des souches de Staphylococcus aureus résistantes à la méticilline et 2,2 % des souches d’Escherichia coli résistantes aux céphalosporines de 3ème génération. L’instabilité des formats d’impression invalidait toutefois régulièrement la récupération des données. Les règles d’extraction et de transcodage des données ont dû être adaptées constamment, engendrant une importante charge de travail pour le maintien dans le temps de cette transmission automatisée. Cela a motivé l’arrêt de l’expérimentation en 2009.

L’expérimentation Labville a confirmé que les LBM disposaient de données pertinentes pour surveiller la résistance aux antibiotiques en ville, mais n’a pas validé de solution technique pérenne pour les récupérer. La surveillance de la résistance aux antibiotiques reste donc à renforcer, notamment face à la diffusion des souches d’Escherichia coli productrices de bêtalactamases à spectre étendu. Plusieurs alternatives peuvent y contribuer : la conduite d’études ponctuelles ciblées (possiblement répétées), la production d’indicateurs propres à la médecine de ville par les Centres nationaux de référence et collaboration avec les réseaux existants.

La rédaction d’après l’InVS

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