Des difficultés dans le diagnostic et dans l'expertise microbiologique

Dépistage des infections fongiques invasives

Biologiste infos
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PARIS, 23 avril 2013 - Afin d'améliorer le diagnostic des infections fongiques, l'Institut national de veille sanitaire (InVS) préconise l'utilisation de méthodes de biologie moléculaire pour détecter les espèces rares responsables d'infections invasives et aboutir ainsi à une identification plus rapide (aussi bien pour des raisons épidémiologiques que thérapeutiques).

Le diagnostic des infections fongiques repose le plus souvent sur un faisceau d'arguments cliniques, scannographiques et microbiologiques. Mais la faible sensibilité des cultures ainsi que les problèmes d'interprétation entre contamination, colonisation et maladie avérée ont motivé le développement de biomarqueurs tels que le galactomannane et le béta(1-3)-D-glucane.

Si les méthodes d'identification fongiques se sont améliorées, certaines limites doivent tout de même être soulignées, afin d'éviter des erreurs d'identification.

Diagnostic antigénique

Pour le diagnostic des aspergilloses invasives (AI) non neutropéniques, le galactomannane sérique en criblage deux fois par semaine conserve tout son intérêt, malgré la persistance de nombreux faux positifs suivant les populations de malades et de faux négatifs, dans les nouvelles populations à risque d'AI (syndromes lymphoprolifératifs, transplantés d'organes solides, pathologies pulmonaires chroniques), dus à un développement différent du champignon avec une masse fongique plus faible.

Le béta(1-3)-D-glucane (BDG), produit en quantité par la majorité des champignons à l'exception des zygomycètes et des cryptocoques, est utilisé pour le diagnostic des candidoses invasives, des AI et des pneumocystoses. Dans ce dernier cas, et surtotu pour les patients VIH+, selon le rapport de l'InVS, le test BDG pourrait être plus sensible que la recherche du champignon dans les expectorations induites. Il permettrait alors de réduire le recours aux lavages broncho-alvéolaires chez certains patients.

Diagnostic par PCR

Beaucoup d'espoirs ont été mis sur la détection d'ADN d'Aspergillus dans les prélèvements sanguins. L'extrême hétérogénéité des tests justifie la non intégration de la PCR dans les critères diagnostiques. Selon le rapport de l'InVS, les méthodes de PCR quantitatives sont les seules qui doivent désormais être utilisées. Leurs avantages principaux sont la diminuation drastique du nombre de faux positifs du fait de l'amplification des produits au préalable et l'aspect quantitatif pour contrôler le rendement de l'amplification et éviter les faux négatifs.

Identification et génotypage

Un effort important a porté ces dernières années sur le démembrement des différentes espèces fongiques. L'identification au niveau de l'espèce est indispensable pour l'adaptation du traitement antifongique, précise le rapport de l'InVS. Si les caractères phénotypiques classiques (analyse microscopique, test enzymatique ou d'agglutination) sont suffisants pour les espèces les plus fréquentes, ils tendent à être supplantés par des méthodes plus rapides basées sur l'étude des séquences internes transcrites (séquences ITS) ou de marqueurs microsatellitaires pour les espèces rares.

Parmi les innovations technologiques de ces dernières années, citons notamment la spectrométrie de masse, qui quantifie, avec précision et en quelques secondes, la masse et l'abondance des protéines comprises entre 2 000 et 15 000 Daltons présentes dans le produit testé. Toutefois, les méthodes actuelles ne peuvent être utilisées que sur des cultures d'au moins 24 heures.

Quant au test PNA-FISH, qui repose la reconnaissance des ARN ribosomiques des principales espèces de levures, par des sondes peptidiques fluorescentes portant des bases nucléotidiques, il a déjà permis une identification quasi-immédiate des levures à partir d'hémocultures dans de nombreux pays.

L'InVS encourage donc les laboratoires à utiliser des méthodes de biologie moléculaire afin d'obtenir l'identification de l'espèce pour toute infection fongique invasive.

La rédaction

D'après un rapport de l'InVS

Crédit photo : © Anton de Bary-Wikimedia commons