Les laboratoires en première ligne dans l’alerte et le signalement

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Publié le mardi 20 mai 2014 13:54

Infections nosocomiales, maladies à déclaration obligatoire, à signalement urgent, les biologistes sont les premiers à mettre en évidence et à identifier ces pathologies et sont de plus en plus impliqués dans l’alerte et le signalement, en interne et/ou à l’extérieur. Des démarches parfois subtiles sur le plan procédural, pesantes en termes de responsabilité et complexes sur le plan technique.

Il y a les maladies à déclaration obligatoire, d’une part, et les infections nosocomiales, d’autre part. Un système de surveillance d’un côté et un système de signalement de l’autre. Une démarche très ancienne pour l’un, plus récente pour l’autre. Comment s’y retrouver ?

Les maladies à déclaration obligatoire

« Font l’objet d’une déclaration obligatoire ou plutôt selon les textes d’une “transmission obligatoire de données individuelles”, les maladies qui nécessitent une intervention urgente et celles dont la surveillance est nécessaire », explique Vincent Jarlier, chef du service de Bactériologie et Hygiène hospitalière à la Pitié- Salpêtrière, à Paris. Déjà deux cas de figure et donc deux procédures. Trente-et-une maladies font l’objet d’une telle déclaration obligatoire, depuis que la rougeole s’y est ajoutée en 2005. L’appartenance des maladies à cette liste répond à des critères de fond :

• les infections qui justifient des mesures exceptionnelles à l’échelle internationale, que le ministère de la Santé doit déclarer à l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Pour faire simple, « la peste et le choléra », résume le Pr Jarlier ;
• celles qui nécessitent une intervention urgente au niveau local, ou des mesures préventives ou correctives : les toxiinfections alimentaires collectives (Tiac) ou les légionnelloses ;
• celles qui font l’objet de programmes de prévention (VIH), de vaccination (tétanos), qui peuvent ainsi être évaluées ;
• celles dont on veut suivre la morbidité, la létalité, les séquelles (sida, légionelllose) ;
• et certaines, pour lesquelles on a un fort besoin de connaissances (Creutzfeldt-Jacob).

S’ajoutent à cela des critères de faisabilité, parce que si les maladies sont trop nombreuses, les cas trop fréquents, la classification trop complexe, le coût de surveillance trop important par rapport aux enjeux de santé publique, la réponse ne pourra pas être adaptée. La procédure consiste pour ces maladies à envoyer la fiche de notification, téléchargeable sur le site de l’InVS, à l’ARS du lieu d’exercice (qu’il s’agisse du cabinet du médecin du patient, ou du laboratoire de biologie), « et non à l’ARS du lieu d’habitation du malade », précise le spécialiste. À souligner que les données sont anonymisées par une procédure complexe, à la source ou à la réception par l’ARS, par un codage irréversible, puis une deuxième anonymisation à l’InVS qui rend impossible le retour au patient.

Certaines maladies à signalement urgent

Le signalement concerne quant à lui les maladies qui justifient une intervention urgente, donc toutes les maladies à déclaration obligatoire à l’exception du VIH/sida, de l’hépatite B aiguë et du tétanos. Il doit alors être fait sans délai, et adressé à l’ARS du lieu d’exercice. Et là, pas de support dédié : « tous les moyens sont bons », insiste Vincent Jarlier. Le biologiste fait remarquer que les Tiac, bien que nombreuses, semblent sous-déclarées.

Chapitre délicat pour le biologiste : l’information du patient. En effet, elle revient en général au médecin, mais il faut rappeler qu’elle est nécessaire pour toute déclaration, en respect de la loi Informatique et libertés.

Douze ans de signalement d’infections nosocomiales

En matière d’infections nosocomiales, Bruno Coignard, de l’Institut de veille sanitaire, rappelle qu’il y a un avant et un après l’affaire de la clinique du sport : « C’est pour ça qu’on a un système de signalement aujourd’hui en France ». Un dispositif mis en place en 2001 par décret (articles L1413-14 et R 6111-12 à 17 du Code de la Santé Publique), qui concerne tous les établissements, publics comme privés. Douze ans de recul permettent donc d’en tirer un bilan éclairé. Le signalement doit être adressé au Centre de coordination et de lutte contre les infections nosocomiales (CClin) et à son antenne régionale (Arlin) ainsi qu’à l’Agence régionale de santé (ARS).

« L’InVS récupère ce signalement en seconde ligne », précise Bruno Coignard. « Les Centre nationaux de référence (CNR) sont des maillons utiles pour évaluer certaines situations, voire indispensables pour obtenir une expertise complémentaire », ajoute-t-il. En bout de chaîne, via l’InVS, le Centre européen de contrôle et de prévention des maladies (ECDC) peut aussi être impliqué lorsque des signalements ont une importance nationale et peuvent intéresser d’autres pays. Depuis fin 2011, la fiche de signalement a été dématérialisée, et les signalements se font aujourd’hui via une application web sécurisée dénommée e-SIN. Pour l’instant, ce changement n’a pas augmenté, comme espéré, le nombre de signalements reçus (il est resté stable en 2012 par rapport aux années 2010/2011). Une légère baisse du nombre d’établissements qui signalent a même été constatée, en lien avec des difficultés de connexion ou d’apprentissage d’un nouvel outil informatique. Mais le Dr Coignard précise que l’InVS « fait le nécessaire pour faciliter la connexion des établissements ».

À ceux qui l’auraient oublié, Bruno Coignard rappelle la contribution du signalement des infections nosocomiales à la sécurité sanitaire en France, avec l’exemple d’une investigation remarquable : Enterobacter sakazakii en 2004 : « Tout est parti de seulement deux signalements en une semaine de méningites très graves chez des nouveau-nés, dont un décès. Ce germe très inhabituel a attiré l’attention et donné lieu à un gros travail d’investigation : recherche d’autres cas similaires, confirmation microbiologique et comparaison des souches. » L’hypothèse d’une source commune a pu être vérifiée et un produit contaminé identifié. Il s’agissait d’un complément alimentaire (Pregestimil).

S’en sont suivis un retrait volontaire et un rappel des lots initiaux, en France, puis à l’international. « Cet épisode a eu un impact majeur en termes de santé publique. Il a ainsi conduit à de nouvelles recommandations de l’Afssa (actuellement Anses) sur l’hygiène et la préparation des biberons, à partir de deux examens positifs au laboratoire et deux signalements », appuie Bruno Coignard. Entre 2001 et 2005, les infections à Cocci à Gram positif et le staphylocoque doré, arrivaient en tête des signalements, suivis des bacilles à Gram négatif (presque 40 % des micro-organismes signalés), dont Klebsiella, qui représentait alors 1,2 % des signalements. Plus rarement étaient signalées des infections à levures ou champignons, certains parasites (épidémies de gale) ou, de manière exceptionnelle, quelques cas groupés d’hépatite C. « Cette distribution des principaux microorganismes signalés a un peu changé depuis », fait remarquer Bruno Coignard.

Sur l’année 2012, il a établi un « top 15 » des microorganismes signalés, au premier rang desquels arrivent les entérobactéries, notamment celles résistantes aux carbapénèmes, « au moins une résistance phénotypique, qui ne correspond pas toujours à une entérobactérie productrice de carbapénémase (EPC) mais nous permet de suivre leur progression », précise le spécialiste. « La forte proportion d’Acinetobacter résistants à l’imipénème (Abri) traduit aussi les préoccupations des soignants concernant les bactéries multirésistantes (BMR) », relève-t-il encore.

Après douze années, on compte aujourd’hui entre 1 500 et 1 600 signalements par an au niveau national, dont une majorité (40 %) pour le seul critère 1A, qui concerne les infections nosocomiales ayant un caractère rare ou particulier du fait de la nature de l’agent pathogène en cause, en particulier lorsqu’il s’agit de bactéries résistantes aux antibiotiques.

Identifier les carbapénémases sans biologie moléculaire ?

Signaler, certes, mais encore faut-il avoir les matériels et méthodes de détection et d’identification adéquats, notamment pour les BMR. À ce titre, Marie-Hélène Nicolas-Chanoine, de l’hôpital Beaujon, à Clichy, s’intéresse de près à l’un des sujets de préoccupation majeure : la détection des résistances aux carbapénèmes par carbapénémases, par des outils phénotypiques. « Tout le monde n’aura pas la biologie moléculaire dans les prochaines années, il faut donc continuer à développer des tests phénotypiques », souligne-t-elle.

Une vaste enquête est en cours par les réseaux de l’Observatoire national de l’épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques (Onerba), dont le Dr Nicolas-Chanoine livre des résultats préliminaires : « Le Centre national de référence de la résistance aux antibiotiques est en train de développer un test capable de mettre en évidence la présence de carbapénémase dans des bactéries résistantes aux carbapénèmes, basée sur l’hydrolyse d’un carbapénème tel que l’imipénème. D’autres travaux portent sur la spectrométrie de masse, pour détecter des produits de dégradation de carbapénèmes mis en contact avec la bactérie. Nous sommes sur la bonne voie, assure-t-elle, mais rien n’est encore commercialisé. »

Pour procéder à l’identification, sur les klebsielles, l’étude s’est intéressée à la témocilline et le choix s’est avéré pertinent : « Pour une klebsiella résistante aux carbapénèmes et qui a une BLSE, lorsque le diamètre de témocilline est inférieur à 8 mm, 100 % de ces souches sont productrices de carbapénémases. Pour un diamètre d’inhibition de témocilline supérieur à 15 mm, au contraire, 100 % des souches sont non-productrices. Nous arrivons ainsi à nous orienter mais seulement sur 44 % des souches ; le test n’est donc pas d’une grande sensibilité. Néanmoins, si nous considérons maintenant les souches non productrices de BLSE, avec un diamètre d’inhibition de témocilline inférieur à 6 mm, nous obtenons 100 % de carbapéménases, nous pouvons alors nous orienter sur 66 % des souches, détaille Marie-Hélène Nicolas-Chanoine. Nous proposons donc l’inclusion de la témocilline sur l’antibiogramme standard. Nous pouvons aussi avoir recours aux tests d’association, les disques Rosco, en regardant les différences de diamètre, selon les indications du fabricant », ajoute-t-elle.

Mais la biologiste alerte aussi sur l’apparition de nouvelles carbapénémases dans des espèces cliniques (Serratia, enterobacter cloacae), et en particulier SME-1 et SMB-1. « Il faut voir que concernant SMB-1, on a de forts arguments pour penser qu’elle dérive de bêtalactamases de bactéries non cultivables », s’inquiète le Dr Nicolas-Chanoine. Sans compter sa crainte que « tout ça passe dans E. coli » !

En conclusion, Bruno Coignard relève que « si le critère 1A est prédominant dans les signalements, c’est parce que tout le monde est en veille sur ce sujet, mais il ne faut pas croire que les infections nosocomiales ne sont dues qu’aux BMR. Pour le malade, les souches sensibles peuvent aussi être à l’origine d’infections graves ! ». Il encourage donc les professionnels à « conserver leur fonction d’alerte, à penser à l’inhabituel » et insiste sur l’importance de « bien connaître la situation de son établissement ou de ses flux de patients », citant l’exemple pour les EPC d’établissements proches de certaines frontières avec des pays où ces bactéries sont de plus en plus fréquentes. Il conclut toutefois en relativisant ce risque lié aux BMR importées, car un lien avec l’étranger est de moins en moins retrouvé pour les EPC, ce qui traduit l’existence d’une diffusion de ces bactéries au niveau national. La clé de leur contrôle repose donc d’autant plus sur leur détection et sur l’alerte fournie par les laboratoires.