Une nouvelle méthode d’analyse à faible coût des mutations du gène BRCA dans le cancer du sein

Cancérologie Biologiste infos Philadelphie (Pennsylvanie), 13 Août 2012 – Des scientifiques canadiens ont mis au point une nouvelle approche de séquençage pour l’analyse mutationnelle des gènes BRCA1/2. Leurs travaux seront publiés dans le numéro de septembre du Journal of Molecular Diagnostics.   Les individus porteurs de mutations dans les gènes BRCA1 et BRCA2 ont un […]

Par Steven DIAI, publié le 13 août 2012

Une nouvelle méthode d’analyse à faible coût des mutations du gène BRCA dans le cancer du sein

Cancérologie

Biologiste infos
Philadelphie (Pennsylvanie), 13 Août 2012 – Des scientifiques canadiens ont mis au point une nouvelle approche de séquençage pour l’analyse mutationnelle des gènes BRCA1/2. Leurs travaux seront publiés dans le numéro de septembre du Journal of Molecular Diagnostics.
 
Les individus porteurs de mutations dans les gènes BRCA1 et BRCA2 ont un risque significativement plus élevé de développer un cancer du sein ou de l’ovaire. Les familles à risque, porteuses de la mutation, optent souvent pour des tests génétiques et des conseils en fonction de leur statut, mais la méthode standard de séquençage direct est coûteuse et elle vise seulement une partie des gènes BRCA1 et BRCA2.
« Pour établir des thérapies ciblées, une compréhension approfondie des mutations des gènes BRCA1/2 et des phénotypes tumoraux associés était nécessaire », note l’auteur principal de l’étude, Hilmi Ozcelik, du Samuel Lunenfeld Research Institute, à Toronto (Ontario, Canada). « Des études récentes ont suggéré que les inhibiteurs de certains produits chimiques étaient efficaces pour le traitement du cancer du sein chez les patients atteints mutations BRCA1/2. Par conséquent, de nouvelles technologies abordables devaient être mises au point pour identifier les patients-candidats en vue de thérapies ciblées », a-t-il ajouté.
Les chercheurs ont utilisé une technique appelée PCR-longue distance afin de générer deux fragments amplifiés de BRCA1 à partir de l’ADN de 12 patients familiaux de cancer du sein. Les amplicons ont ensuite été analysés par séquençage en profondeur, aussi connu sous le nom de séquençage de nouvelle génération (NGS). Cette technique permet le dépistage simultané de millions de molécules d’ADN à haut débit. Alors que les méthodes de dépistage classiques ciblaient uniquement les exons du gène BRCA1/2, le séquençage en profondeur peut filtrer l’ensemble de la région génomique, y compris les introns et les régions non traduites. Les spécimens ont aussi été analysés à l’aide des méthodes conventionnelles, ce qui a permis une comparaison des résultats.
Cette nouvelle méthode a permis d’identifier tous les variants attendus des gènes BRCA1/2 et notamment deux variants exoniques et des variants à la limite exon/intron. Le test a un coût très faible et un délai d’exécution de 12 jours. « Un des principaux avantages de la PCR-longue distance est sa capacité à détecter visuellement les duplications génomiques importantes, les suppressions et les insertions », a déclaré le Dr Ozcelik. « Combinée avec le séquençage NGS, la PCR-longue distance peut être un outil puissant dans la détection de variants du gène BRCA en milieu clinique. Notre méthode a confirmé la présence de variants avec une très grande précision, et sans faux positifs. »
Grâce à ces deux techniques, les chercheurs ont identifié un large éventail de variants introniques du gène BRCA1/2 qui, individuellement ou en combinaison, pourraient avoir un impact sur la fonction de BRCA1/2. Dr Ozcelik a noté que, malgré la taille réduite des échantillons, les données montraient une grande variabilité dans le nombre, le type et la fréquence des variants identifiés à partir de familles de patients atteintes de cancer du sein.
« Notre défi consiste maintenant à établir des méthodes d’analyse systématique de ces données afin de fournir une meilleure information sur les risques pour la patiente de développer un cancer du sein et faciliter la prise en charge clinique de la maladie », a expliqué le Dr Ozcelik. Compte tenu du niveau d’information génétique de chaque patient, les profils peuvent être construits chez les patients atteints du cancer du sein par rapport aux contrôles de la population. Un moyen  efficace pour calculer les risques associés aux mutations de BRCA1/2 pour les individus et leurs familles.
 
HK
 
Crédit photo : TipsTimes-Flickr
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