Le HCSP défavorable au poolage des tests RT-PCR

Le HCPS a été saisi par la DGS (Direction générale de la santé) le 29 avril 2020 sur la question de la pertinence des tests de RT-PCR pour la recherche de l’ARN viral de SARS-CoV-2 en poolantles échantillons biologiques. Cet avis s’inscrit dans la première phase du déconfinement, avec la réalisation de 500 000 à 700 000 tests par semaine sur le territoire national. Le HCSP reconnaît que cette stratégie permet une « économie significative du nombre des tests à réaliser sans impacter de façon notable la capacité de détection du virus SARS CoV-2 pour des charges virales de niveau élevé ou moyen », avec une taille optimale des échantillons à tester entre 5 et 30 échantillons. Cependant, il existe de nombreuses limites techniques en termes d’organisation et délai de rendu des résultats, que ce soit au niveau pré-analytique, analytique ou post-analytique. Par ailleurs, l’approvisionnement en réactifs pour RT-PCR n’est pas en tension. Enfin, la recherche du génome viral de SARS-CoV-2 par la méthode de groupes d’échantillons n’est pas inscrit à la NABM (nomenclature des actes de biologie médicale).

De ce fait, le HCSP recommande en premier lieu « de ne pas mettre en œuvre la pratique du groupage des échantillons pour la détection du génome du virus SARS-CoV-2 dans les prélèvements respiratoires, en particulier dans la période immédiate de déconfinement », et que de ce fait « la détection du génome viral du SARS-COV-2 soit réalisée par RT-PCR individuelle dans le cadre des recommandations du diagnostic virologique « Par ailleurs, le HCSP préconise que « la technique de séquençage à haut débit permettant de tester un très grand nombre d’échantillons puisse être évaluée comme une alternative envisageable à moyen terme en fonction de développements technologiques et informatiques pour l’analyse de résultats en très grand nombre ».