COVID-19 : gestion des prélèvements biologiques

La Société Française de Microbiologie (SFM) publie une fiche sur la gestion des prélèvements biologiques d’un patient suspect de COVID-19, réalisée à la demande du Bureau des risques infectieux émergents et des vigilances de la Direction Générale de la Santé, mise à jour le 3 mars 2020.

Selon cette fiche, les premières données sur le suivi des patients hospitalisés en France rapportent « une virémie inconstante, très faible et de courte durée, exclusivement décrite dans les formes sévères (SDRA). La virurie reste inexistante. En revanche, la quantité de virus excrété dans les selles peut être élevée ». La manipulation des échantillons microbiologiques d’un patient suspect de COVID-19 peut s’effectuer dans un LSB2 (laboratoire de niveau de sécurité biologique 2), seule la culture du virus doit se faire impérativement dans un LSB3. Le diagnostic spécifique de COVID-19, est actuellement réalisé par une RT-PCT spécifique sur un écouvillonnage nasopharyngé dont le résultat est obtenu en environ quatre heures. « Aucun test commercial n’est actuellement disponible » précise la SFM. Les prélèvements à réaliser pour le diagnostic initial COVID-19 sont les suivants : « Un prélèvement systématique des voies respiratoires hautes (naso-pharyngé /écouvillons Virocult ou aspirations), et un prélèvement des voies respiratoires basses (crachats, LBA, ATB) en cas d’atteinte parenchymateuse ». Un conditionnement de « catégorie B (Norme UN 3373) / triple emballage (tube –contenant rigide à visser –BIOTAINER rigide UN 3373) » doit être utilisé pour le transport des prélèvements respiratoires destinées au diagnostic microbiologique. Les échantillons doivent ensuite être manipulés dans le laboratoire LSB2, sous PSM2 (poste de sécurité microbiologique de classe 2). Les déchets issus de prélèvements positifs « seront éliminés après un autoclavage (30 min à 121°C) avant de rejoindre le circuit classique des DASRI (déchets de soins à risques infectieux perforants)».

La fiche renvoie aux recommandations des CNR pour plus d’informations et pour les prélèvements de suivi d’un patient positif. Les Centres Nationaux de référence (CNR) des virus respiratoires sont au nombre de deux : France Sud, hôpital de la Croix Rousse, Lyon, et France Nord, Institut Pasteur, Paris. Le second a développé un test diagnostique spécifique, dès à présent disponible. Par ailleurs, le séquençage du génome complet du coronavirus de Wuhan a été finalisé par les chercheurs de l’Institut Pasteur fin janvier à partir des premiers cas de patients touchés par le virus en France. Une Task Force a été mise en place et mobilise les experts de l’Institut sur la connaissance du virus, de sa pathogénèse, l’épidémiologie de l’épidémie, le développement de nouveaux outils diagnostics et thérapeutiques, et le développement de vaccins.