Dépister la trisomie 21 par séquençage : le test sera très prochainement remboursé !

NGS

Biologiste infos
Crédit photo : ABF

Samedi 10 mars, à Paris, le congrès du Syndicat des jeunes médecins biologistes a été l’occasion pour Philippe Amouyel, biologiste à l’hôpital américain de Paris, de proposer un état des lieux du dépistage de la trisomie 21, 13 et 18 par les nouvelles techniques de séquençage NGS (Next-Generation Sequencing).

« Les prochaines recommandations, prévues courant 2018, projettent de rembourser les tests utilisant l’ADN circulant. » Dès le début de la conférence, Philippe Amouyel donnait le ton : très bientôt, le dépistage de la trisomie 21 par NGS devrait devenir monnaie courante. Le principe ? Utiliser l’ADN fœtal libre circulant dans le sang maternel. À la suite d’étapes de purification et d’amplification, des séquences sont reconstruites au moyen d’un jeu de sélection de tailles, et le chromosome porteur de cette séquence est identifié. La quantité des séquences obtenues fournit alors une très bonne indication de la surreprésentation du chromosome, donc de la suspicion de trisomie.

Actuellement, la stratégie de dépistage de la trisomie 21 combine une échographie mesurant la longueur cranio-caudale (LCC), la clarté nucale, avec un dépistage de marqueurs biochimiques : la PAPP-A et la hCG libre. Si la patiente présente un risque calculé supérieur à 1 sur 250, une biopsie de trophoblaste lui est proposée. En-deçà, la plupart du temps une simple surveillance est recommandée.

La nouvelle stratégie qui se met en place pourrait, suivant les recommandations de la HAS, se découper en trois niveaux : la première phase restera identique (marqueurs biochimiques + clarté nucale et LCC), les patientes à très haut risque (supérieur à 1 sur 50), étant alors amenées à effectuer la biopsie de trophoblaste. Pour le groupe de patientes à risque majeur et intermédiaire (entre 1 sur 50 et 1 sur 250, et entre 1 sur 250 et 1 sur 10 000), le dépistage non invasif de la trisomie 21 (ou DPNI) sera proposé, via la technique des NGS. Une technologie qui se retrouve aujourd’hui dans nombre de stratégies de dépistage (cancer, reproduction…).

Ce dépistage non invasif évalue la surreprésentation des chromosomes 21, 13 et 18 de l’ADN fœtal circulant. La séquence de tests se déroule en plusieurs étapes (voir encadré 2), dont la dernière, celle du séquençage haut débit, utilise des méthodes électro-techniques : une technologie NGS s’effectuant par adjonction de bases (A, T, C, G). Les bases sont adjointes les une après les autres. Lorsque chacune s’associe à sa base correspondante, par exemple Adénine avec Thymine, l’association libère des ions H+, générant une modification de pH. Un signal est donné. Il permet de reconstruire progressivement les séquences.

Le système commence par identifier la patiente via son code barre, deux pools de huit patientes étant séquencés simultanément. Puis, par le jeu de sélection de taille, il reconstruit les séquences, et identifie le chromosome et son éventuelle surreprésentation. Il s’agit donc d’un travail en trois temps : identification de la patiente, reconstruction de la séquence qu’on associe à des séquences connues des chromosomes 13, 18 ou 21, puis, par le jeu des quantifications, capacité à détecter ou non une surreprésentation.

Si cette méthode est intéressante sur le papier, elle n’est pas dénuée de contraintes, tant sur le plan technique ou environnemental qu’au niveau des ressources humaines. C’est ce qu’a rappelé Philippe Amouyel évoquant, entre autres, la nécessité de disposer d’ « une eau à la qualité ultra-pure » – certaines sociétés fournissent de l’eau en free-ADN –, et dont « la qualité de pH doit être absolument rigoureuse », ou encore l’indispensable qualité « au niveau des plateaux de température ». En outre, excepté pour la phase d’extraction, le reste de la technique doit s’effectuer par une seule et même personne, dans des conditions rigoureuses, par un personnel qualifié et formé.

« Au niveau des résultats, 8 patientes sur 1257 ont été détectées positives en 2017, indique le professeur Amouyel. Nous avons eu à déplorer un résultat positif sur une grossesse gémellaire : il y avait un des deux fœtus qui était porteur d’une trisomie 21. » L’équipe a connu trois échecs, après repasse et re-prélèvement. « Il n’est parfois pas possible d’avoir une représentation de l’ADN fœtal par cette technique, il faut alors proposer d’autres techniques de recherche d’ADN fœtal, telle que la méthylation. » Ce test est accessible et réalisable dans le cadre de la biologie médicale de ville, mais présente tout de même quelques inconvénients tel que le nombre important d’étapes à risques et la présence de faux négatifs.

« Demain, le test sera proposé en remboursement, il va donc y avoir augmentation de la demande et des autorisations délivrées par la tutelle », affirme Philippe Amouyel, précisant qu’actuellement cinq laboratoires en France proposent un tel test avec cette plateforme. Il ajoute : « D’autres tests pourront, aujourd’hui ou demain, proposer d’autres types de recherches, comme des micro-délétions, le syndrome de Di George, la mucoviscidose dans le cadre des diagnostics prénataux, ou le whole génome. Cela pose une question éthique : où s’arrêter ? »

Source : Biologiste infos n°93 (Avril-mai 2018)

La rédaction